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    5hmC或成为(wéi)2型糖尿病血管并发症(zhèng)临床监控的重要标志物

    source:TIME:2019-10-01 08:00:00分享到:

    2019年(nián)10月1日(rì),5-羟甲基化胞嘧(mì)啶(5-hydroxymethylcytosine,5hmC)在(zài)糖尿病研究领域(yù)取(qǔ)得重(chóng)要进展。2型糖尿病(T2D)的血管并发(fā)症是(shì)导致2型糖尿病致残致(zhì)死的重要病(bìng)因,一(yī)直缺乏一种无创便捷的临(lín)床途径实现血管并发症(zhèng)的发生发展监测,达到早(zǎo)发现、早干预,以提高T2D病人的整体生(shēng)活质量,减少卫生(shēng)经(jīng)济负担(dān)。


    该研究(jiū)入组(zǔ)了62例2型糖尿病病人,采(cǎi)用5hmC-Seal技术(shù)对血(xuè)浆(jiāng)cfDNA中表观遗传(chuán)标志物(wù)5hmC的分布情况进(jìn)行(háng)检测,分析(xī)5hmC标志(zhì)物与2型(xíng)糖尿病血管(guǎn)并发症发(fā)生发展的相关性。结果表(biǎo)明5hmC标志物(wù)的(de)变化与T2D合并大血管(guǎn)/微血管事件具有相关(guān)性,主(zhǔ)要涉及一些与(yǔ)血管生物学和糖尿(niào)病(包括胰(yí)岛素耐受和炎症反应)相关的基因(yīn)和信号通路。该研究建(jiàn)立的16个基因-5hmC标志物组合检测可以准确区分有并发症(zhèng)和无并(bìng)发症的2型糖尿病病人[实验组:AUC=0.85;95% CI,0.73-0.96],明显优(yōu)于传统临床变量例如白蛋白(bái)尿。除此之外(wài),还建立了13个基因-5hmC标志物组合检(jiǎn)测,可以进(jìn)一(yī)步(bù)区分T2D合并单(dān)一并发症和多种并发症[实(shí)验组(zǔ):AUC=0.84;95% CI,0.68-0.99],同样明显优于其他传统临床变量。该研究得出结论,5hmC标志物反映(yìng)了(le)T2D病人大(dà)血管(guǎn)/微血(xuè)管并发(fā)症发生(shēng)过程中的表(biǎo)观遗传变化(huà),因而5hmC-Seal检测技术在监(jiān)测糖尿病血管(guǎn)并发症发生(shēng)和(hé)进展方面具有(yǒu)良好的临床应用前景。


    试(shì)验设计



    本研(yán)究共纳入62例2型糖尿病病人(rén),包括没有血管并发症的病人12例,有单一血管并(bìng)发症的病人34例(lì)(24例(lì)发生(shēng)大血管事件,10例发生微血(xuè)管事(shì)件),以及有多种血管并发症的病人(rén)16例。试验收集62例病人血浆,提取cfDNA,利用5hmC-Seal技术捕获外周(zhōu)血cfDNA中(zhōng)的(de)5hmC序列,进(jìn)行二代测序,通(tōng)过生物信(xìn)息学(xué)分析找(zhǎo)出并发(fā)症(zhèng)组与无并发症(zhèng)组之间有显著5hmC修(xiū)饰差异的基因,单一并发症组(zǔ)和多种(zhǒng)并发症组之间(jiān)有显著5hmC修饰差异的基因(yīn)。随后利(lì)用回归模型对(duì)差异基因进一步筛选、优化(huà),弹性(xìng)网络进一步筛选,计算加权平均分,最(zuì)后得到(dào)一组(zǔ)具有高(gāo)度灵敏(mǐn)度和特(tè)异性的5hmC生物标记(jì)物,并(bìng)进一(yī)步在(zài)实验组中验证,分析其灵(líng)敏度和特异性。并将新建(jiàn)立的5hmC标志物基因组合的检(jiǎn)测性能与传统临床变量进行对比分析。最后对相关基因进行了信号通路分析和(hé)功能探究。



    研究(jiū)结果


    5hmC修饰水平与血管并发症具有(yǒu)相关性(xìng)


    利用逻(luó)辑回(huí)归模型对62例有并发症和无并(bìng)发症2型糖尿病病人(rén)的(de)5hmC差(chà)异(yì)水平进行分析发现(xiàn),有并发症2型糖(táng)尿病(bìng)病人的622个差异修饰候选(xuǎn)基因(包(bāo)括上调和下调基(jī)因(yīn))的归一化平均数要明显高于无并发症的病(bìng)人(P<0.001),但是(shì)单一并发症和(hé)多发并发症病人之间没有显(xiǎn)著差异。

    之(zhī)后将有(yǒu)单一并发症或多种并发症的50例病(bìng)人用逻辑(jí)回归模型进行了(le)对比,发(fā)现多(duō)种并发(fā)症的病人的153个差异修饰候(hòu)选基因(包括上调和下调基因)的归一化平均数要低于无(wú)并发症病人(P<0.001)。


    5hmC标志(zhì)物可区分有无并(bìng)发(fā)症患者


    62例2型糖尿病病人被随机分成训练组(n=31)和测试(shì)组(zǔ)(n=31)。利用弹性网络筛选后发现,16基(jī)因-5hmC标(biāo)志(zhì)物组合检(jiǎn)测可(kě)以用(yòng)于区(qū)分(fèn)有(yǒu)并发症和无并发症的2型糖尿病病人。


    基于16基因组合模型 (Detection Model 1) 的加权(quán)平均分(fèn)分(fèn)析,发现无并发症病(bìng)人的分数在训练集和测试(shì)集中都明显(xiǎn)低于有(yǒu)并发症的病人(rén)。只(zhī)考虑加权平均分的话,受试者工作特征曲线(ROC)分析表明将cutoff值设置(zhì)成0.5时,在测试组中中的(de)灵(líng)敏度为60%,特(tè)异(yì)性为100%。



    5hmC标志物可区分病人是单一并发症还(hái)是多种并发症


    50例有并发症的2型糖尿病(bìng)病(bìng)人被(bèi)随(suí)机分成训练(liàn)组(n=25)和(hé)测试(shì)组(n=25)。利用弹性网络(luò)筛选后发现(xiàn),13基因-5hmC标志物(wù)组合可以(yǐ)区分(fèn)2型糖尿病病人(rén)是否发生单一并发症或多种并发症。


    基于13基因组合模型 (Detection Model 2), 我们计算了单一并发症和多种并发症(zhèng)的加权平均分,发现在(zài)训练集和测试集中单一并发症和多种并发症病人的分数都有明显(xiǎn)差(chà)异。值得一提(tí)的是(shì),有肾病并发症和无肾病并发症(zhèng)病人的分(fèn)数也(yě)有明显差异(yì)。利用加权(quán)平(píng)均(jun1)分作(zuò)为判(pàn)断标(biāo)准的受试者工作(zuò)特征曲线(ROC)表明,在测试组中当将cutoff值(zhí)设成0.69时,灵敏度为87.5%,特(tè)异性为68.8%。



    5hmC标志物与传统临床变(biàn)量/危险因(yīn)子的对比


    我们评估了不同临床(chuáng)变量/危险因(yīn)子用于监测(cè)血管(guǎn)并(bìng)发(fā)症的灵敏度(dù)和特(tè)异(yì)性(见表1)。

    总体来说(shuō),结果(guǒ)表明一些临床变量(如尿(niào)液白蛋白(bái)、血清(qīng)ALT、AST、肌酐、GGT、脂蛋白(bái)a)虽然具有一定的灵敏度和特异性,但是整体准确度仍然差强人意,因此临床需要更加(jiā)准(zhǔn)确的(de)方法。另外,我们还(hái)在训练组中建立5hmC和不同临床变量的多变(biàn)量组(zǔ)合(hé)模(mó)型进行(háng)评估,该模型加权平均(jun1)分的(de)AUC要明(míng)显(xiǎn)大于传(chuán)统临床变量(liàng)的AUC。若将这些临床变量(liàng)与加权平均分进行结(jié)合,AUC也将(jiāng)进一(yī)步提高(gāo)。因此(cǐ),该多变量模型(xíng)表(biǎo)明加权平均分可作为(wéi)一个(gè)独立的(de)指标用于监测2型糖尿(niào)病血管并发症。

    信号通路分析和功能探究


    有并发症和无并发症病人的135个差异候选基(jī)因(yīn)的功(gōng)能注释分析表明,这些基因主(zhǔ)要富集在一些经典的信号通路。错误发现率相关P值位于前10%和基因数目≥3的信号通路包括由IGF1R, IL-10和FGFR2所(suǒ)介导的信号(hào)通路。由IGF1R和IL-10介导的信(xìn)号(hào)通路与(yǔ)胰岛素抵抗(kàng)及炎症(zhèng)反应相关,在(zài)血管生物学(xué)和糖(táng)尿病(bìng)发生发展过(guò)程中发挥重要作用。

    Reactome相互作用网络的中心表明,泛素(sù)编码基因(yīn)[泛素B (UBB),泛素C (UBC),泛(fàn)素A-52亚基核糖(táng)体蛋(dàn)白融合产物1(UBA52)]是候选基因(如SMAD3FOXD2DRAP1MCIDASMLNPIANPTBCC)的重要连接者。在这135个差异(yì)候选基因中, 一些基(jī)因 (如(rú)TNFRSF25P=0.027, HR=6.25; MLNP=0.0021, HR=20.40; CCL3L1P=0.018, HR=0.44)表(biǎo)现出与糖尿病病程相关的倾向,表明(míng)5hmC和糖(táng)尿(niào)病血管并发症之间可能存在时间依赖性(xìng)的相(xiàng)互作用。基于(yú)纵向时(shí)间队列的大样本研究,将可进一步明确(què)5hmC变(biàn)化和糖尿病持(chí)续(xù)时(shí)间(jiān)之(zhī)间的动态关联(lián)。关于单一并(bìng)发症和多种并发症病人的159个候(hòu)选标志基因的功(gōng)能(néng)注(zhù)释研究发现(xiàn),存在细胞-细胞连(lián)接、胶原蛋(dàn)白形成(chéng)、新(xīn)陈代谢、细胞应激应答信号(hào)通(tōng)路的富集,这(zhè)些信号(hào)通路均与细(xì)胞基(jī)本功能密切(qiē)相(xiàng)关。


    研究意义



    血管并发症是三分之(zhī)二糖尿病(bìng)病人(rén)的死(sǐ)亡原因,若能及早有效(xiào)控制(zhì)血(xuè)管并发症的发生,将(jiāng)极大(dà)地改善糖(táng)尿病(bìng)病人的生存质量。该(gāi)研(yán)究(jiū)建(jiàn)立了(le)一种(zhǒng)利用(yòng)cfDNA进行(háng)2型糖尿病血管并发(fā)症监测的无(wú)创便捷方法,较(jiào)目前临床(chuáng)标志物能更准确地监控血管并发症的发生(shēng),从(cóng)而提示临床及早采取应对措施(shī),有效控制病情进展。



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